設立聯盟主席團。聯盟最高權利機構，由聯盟成員單位各推薦一人（交通職教集團正副董事長或理事長，院校書記或院長）組成，負責領導聯盟各項工作，以主席團會議的形式對聯盟重大問題進行決策。

實行聯盟主席輪執（值）制。輪值主席由北京、天津、上海、河北、寧夏、山西、四川交通職教集團理事長（董事長）輪流擔任，任期為一年，在主席團休會期間代表聯盟主席團開展具體工作，對主席團負責。

設聯盟名譽主席1-2名。繼續聘請天津交運集團黨委書記靳和連同志擔任名譽主席。擬聘請上海交通物流職業教育集團常務副理事長鮑賢俊同志為名譽主席。

設立聯盟秘書處，實行常設制。秘書處常設在北京交通職教集團，在輪值主席領導下，協調組織各成員單位制定聯盟年度工作計劃和原則章程，開展具體工作。首任秘書長由北京交通職教集團副理事長施建年擔任，副秘書長由聯盟成員單位各推薦一名人選擔任。

設立專業分委員會及思想政治工作分委員會。分別由天津交通職教集團、上海交通物流職教集團、河北省交通職教集團、北京交通職教集團和天津交通職教集團牽頭組建。各專業分委員會主任原則上由院級領導擔任。